AVISO: O seguinte artigo contém spoilers para Dias que se foram .
Depois de aproximadamente 40 horas de jogo para completar a história principal, muitos jogadores colocam seus controladores de lado e saem Dias que se foram para o bem . Outro iniciará um novo arquivo salvo. No entanto, aqueles que continuarem jogando após a rolagem de créditos serão recompensados com um final secreto, com enormes ramificações.
Assim que a missão final terminar e Wizard Island destruída, o mapa de mundo aberto do jogo ainda estará disponível para percorrer. A partir daí, os jogadores podem terminar quaisquer objetivos colaterais restantes, como Freaker Hordes ou sites de pesquisa NERO. Depois de um tempo, o jogador receberá uma mensagem de rádio do pesquisador do NERO, James O'Brian, que pedirá ao jogador para conhecê-lo.
Quando o protagonista Deacon St. John encontra O'Brian no antigo cemitério, as coisas ficam malucas. No prólogo, o jogador conhece O'Brian, que está vestindo uma roupa de proteção contra danos de corpo inteiro e um capacete com tela transparente. Aqui, seu rosto está visível. No entanto, durante o resto do jogo, a máscara de O'Brian é tingida, o que significa que Deek não pode ver seu rosto.
A razão para isso só é revelada na cutscene do final secreto: O'Brian está infectado. Ele finalmente tira a máscara para revelar uma aparência macabra e vascular, fazendo com que Deacon recue. O'Brian explica que o vírus que criou os Freakers está evoluindo rapidamente e agora está em um estágio em que pode invadir o sistema linfático (que ajuda a proteger o corpo de doenças e infecções) de pessoas não infectadas. Ele também revela que os chefões da NERO já sabem disso há um tempo e avisa Deacon que eles estão chegando. O'Brian sai, saltando em um helicóptero no ar com força e agilidade desumanas.
Esta cutscene transmite que esta nova cepa do vírus cria uma forma totalmente nova de Freaker, que mantém as funções cognitivas de um ser humano, mas possui a força, velocidade e agressão das criaturas que Deacon luta durante todo o tempo Dias que se foram . Na verdade, em vários pontos desta cena, o corpo de O'Brian dá espasmos aparentemente involuntários, e ele até dá vários passos em direção a Deek antes de se desculpar. Embora nunca seja declarado explicitamente, parece que o O'Brian está resistindo ao impulso biológico de ataque provocado pelo vírus.
Claramente, esta cena tinha como objetivo deixar a porta aberta por um Dias que se foram sequência, algo que agora parece que nunca vai acontecer. Em vez do final otimista de Deek cavalgando rumo ao pôr do sol com Sarah, essa reviravolta terminou o jogo com uma nota mais sombria e ameaçadora. A nova forma de Freaker introduzida por O'Brian seria um inimigo formidável em um segundo jogo, que certamente seguiria os esforços de Deacon para descobrir a verdade sobre a ligação de NERO com o vírus.
É importante notar que, embora o NERO tenha destaque em Dias que se foram , Deacon nunca realmente luta contra eles. Nas missões em que são apresentados, Deek pode apenas esgueirar-se entre os soldados e pesquisadores, pois o jogo deixa claro que seus trajes são fortificados demais para ele cortar ou atirar. Uma sequência provavelmente teria feito de NERO o principal antagonista, com Deacon e companhia tendo que enfrentá-los de frente. No entanto, do jeito que as coisas estão, esta é uma história que não será contada.
