Durante os últimos dias da República, o Guerra das Estrelas o universo sofreu um grande golpe no lado luminoso da Força. Em um comando rápido, o Imperador Palpatine ativou a Ordem 66. O protocolo foi implantado via chip em cada soldado do exército de clones e, uma vez ativado, forçou os soldados a executar todos os Jedi nas proximidades. O Grande Expurgo Jedi colocou para descansar um grande número de Jedi e, com suas mortes, encerrou todas as missões e mistérios que ainda faltavam ser completados.
De todos os Jedi que caíram naquele dia fatídico, nenhum parecia tão brutal quanto a morte de Aayla Secura no vibrante planeta de Felucia. Episódio III de Star Wars: Vingança dos Sith mostra a jovem Twi'lek sendo abatida por seu batalhão de clones. Infelizmente, quando ela caiu, foi distraída por um pássaro e incapaz de reagir. No entanto, o tiro dura mais alguns segundos e mostra os clones continuando a atirar em seu corpo inerte. Muitas perguntas surgiram de sua terrível morte enquanto os fãs tentavam descobrir por que os clones pareciam tão cruéis com ela.
Assim como seu mestre, Quinlan Vos, Secura escolheu seguir seu próprio caminho enquanto obedecia à Ordem Jedi. Isso foi demonstrado em sua escolha de roupas e na maneira como ela empunhava seu sabre de luz com o aperto reverso. Secura se importava profundamente com seu mestre, que era excepcionalmente forte na Força. Muitos teóricos acreditam que ela também era imensamente poderosa na Força. Se for esse o caso, a razão para os clones atirarem nela pode ter sido para garantir que ela não se levantasse para infligir danos massivos com suas habilidades.
A maioria das aventuras de Secura não a mostra usando qualquer força imensa da Força durante as Guerras Clônicas. Mesmo assim, é perfeitamente possível que suas habilidades não tenham se manifestado totalmente ainda. Alternativamente, sua força poderia ter sido canalizada por meio de sua habilidade de luta, que utilizava sabre de luz de combate Forma IV e Forma V, e incluía uma abundância de acrobacias e movimentos ofensivos em grande velocidade.
Outra teoria apresentada está fortemente ligada ao relacionamento de Secura com seu batalhão de clones. Devido aos muitos anos que os Jedi passaram com seus soldados clones, muitos laços foram formados entre os dois grupos. Alguns dos melhores exemplos incluem o Capitão Rex e Ahsoka Tano ou o Comandante Cody e Obi-Wan Kenobi. Com essa lógica, os clones podem ter disparado continuamente contra Secura porque se lembraram da história que compartilharam com ela e queriam ter certeza de que sua morte seria rápida e indolor. Se for verdade, isso tornaria seu ato final como clone troopers um dos mais misericordiosos da Purificação.
Aayla Secura era uma das Jedi mais compassivas da ordem. Devido a isso, seu fim violento foi considerado um dos mais brutais do Grande Expurgo Jedi. A morte de Secura também representa a devastação rápida e cirúrgica que o imperador se propôs a alcançar. É muito difícil matar um Jedi, e até mesmo Anakin Skywalker em A ameaça fantasma não acreditava que fosse possível derrotar todos eles. No entanto, o Imperador provou que ele estava errado eliminando quase todos eles de uma só vez.
A morte de quase todos os Jedi veio rápida e violentamente. Durante o evento, alguns dos últimos sentimentos que os usuários sobreviventes da Força sentiram foram traição e dor. Até a morte de Secura alcançou Yoda, que estava em um planeta completamente diferente na época. A razão exata pela qual os clones dispararam tantas vezes em Secura permanece um mistério. No entanto, esse mistério permitiu que os fãs se reunissem, mais uma vez, para especular sobre os muitos outros mistérios do universo de Star Wars.
