Muitas perguntas foram feitas sobre porque Naruto foi nomeado um Uzumaki e não um Namikaze. Considerando a O clã Uzumaki foi completamente exterminado e como este pacífico clã está em perigo por ser muito poderoso, muitos acham que é lógico que Naruto receba o sobrenome Namikaze e não o contrário. No entanto, há na verdade uma razão logicamente aceitável para o terceiro Hokage ainda ter optado por usar o clã em perigo como o sobrenome de Naruto.
Durante a Terceira Guerra Shinobi, antes do nascimento de Naruto, Minato Namikaze - o pai de Naruto - era notoriamente temido como o Flash Amarelo, um ninja mortal que matou sozinho 1000 shinobi em um instante, vencendo assim a guerra por Konoha e forçando outras nações a aceitar um tratado de paz com eles. Durante este período, Minato fez vários inimigos que estavam dispostos a arriscar qualquer oportunidade que encontrassem para realizar sua vingança sobre ele e sua família.
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Durante o ataque de raposa de nove caudas imediatamente após o nascimento de Naruto, Minato - o Quarto Hokage - e Kushina Uzumaki sacrificaram suas vidas para salvar Konoha e seu filho Naruto. Metade da Besta com Cauda foi selada dentro de um Naruto recém-nascido, após o qual ambos os pais morreram. Os cuidados de Naruto foram confiados ao Terceiro Hokage, que significativamente lhe deu o sobrenome Uzumaki.
No passado, após o massacre do clã Uzumaki, poucos dos sobreviventes Uzumaki foram caçados e capturados por pessoas que queriam seus poderes para si, como Orochimaru. No entanto, essa caça foi gradualmente reduzida ao longo do tempo até parar completamente. Por outro lado, considerando as toneladas de inimigos que Minato fez devido ao seu esforço nos tempos de guerra e como os ninjas de outras aldeias tinham a intenção de matar qualquer um de seus parentes se avistados - logicamente, era muito mais seguro nomear Naruto Uzumaki do que Namikaze.
Nem Uzumaki e Namikaze eram opções de sobrenome ideais, considerando os perigos associados. Além disso, Naruto nunca foi colocado para adoção, já que todos o odeiam como a Besta com Cauda que matou seu amado Quarto Hokage. O Terceiro Hokage obviamente não estava cuidando bem dele. Uma vez que não houve nenhum incidente registrado de caça a um Uzumaki além do massacre, o nome era mais seguro de tomar e o Terceiro Hokage nunca revelou a relação de Naruto com Minato, embora ele descobrisse mais tarde sobre seus pais. Esta era a única maneira de protegê-lo dos inimigos de seu pai.
Quando Naruto finalmente descobriu a verdade sobre seus pais, ele contou às pessoas com confiança apesar dos riscos, devido ao fato de que ele era forte o suficiente para enfrentar qualquer um que ousasse confrontá-lo por vingança. Nesse ponto, ele estava livre dos perigos associados aos sobrenomes por causa de seus poderes e podia falar sobre seus pais com qualquer pessoa.
