Cardcaptor Sakura os fãs estão bem cientes das diferenças entre o final do mangá e o final do anime, que, embora não sejam drásticas, ainda são significativas. Não é incomum para uma série de mangá ter um adaptação que desvia do material de origem, também.
Independentemente dos motivos exatos, a diferença mais notável entre os Cardcaptor Sakura finais de mangá e anime são como as relações entre os personagens são retratadas e a sequência de certos eventos. Além disso, o desenvolvimento de alguns dos personagens secundários também foi deixado de fora da adaptação do anime.
No anime, Syaoran admite seus sentimentos por Sakura logo após a batalha final com Eriol. Ele e Sakura ficam estranhos perto um do outro até que sua mãe o chama de volta a Hong Kong para cumprir seus outros deveres . Depois que Sakura descobre que ele está saindo, ela chora em seu quarto - onde ela inadvertidamente cria o Cartão de Esperança. Ela encontra Syaoran no aeroporto e ele dá a ela o urso que fez no início da temporada. Não seria até o segundo filme que Sakura seria capaz de retribuir os sentimentos de Syaoran quando pensasse que a Carta do Nada havia removido seus sentimentos por ela.
No mangá, algum tempo passa antes que Syaoran confesse seus sentimentos a Sakura no Penguin Park, onde ele também diz a ela que precisa voltar para Hong Kong. Sakura busca o conselho de seus amigos e o torna um urso antes de correr para encontrar Syaoran antes que o ônibus saia. Ela persegue o ônibus dele quando ele se afasta e consegue entregar o urso a ele e confessar seus sentimentos. A história começa dois anos depois, quando Syaoran volta a morar no Japão, e ele e Sakura retomam o relacionamento. Aqui é onde Arco de carta transparente pega com todos que estão começando o ensino médio juntos, e Akiho se muda para Tomoeda.
A relação entre Syaoran e Sakura sendo explorada mais profundamente não é a única mudança feita. Depois de sua luta com Sakura, Eriol dá a seu pai metade de seu poder para que Sakura possa ser mais poderosa. Isso ocorre porque Fujitaka e Eriol são duas metades da alma de Clow Reed. Por causa disso, Fujitaka agora é capaz de ver o espírito de sua falecida esposa Nadeshiko, assim como seu filho Touya podia. O anime não explica nada dessa situação. Além disso, Eriol e Kaho Mizuki começam um relacionamento romântico no mangá que não é reconhecido no anime. Além disso, Rika fica noiva de Terada, e Chiharu e Yamazaki continuam seu relacionamento juntos também.
Touya e Yukito ainda são amigos, e Touya e Yue são amigáveis um com o outro. As habilidades mágicas de Touya estão lentamente voltando para ele depois de dá-las a Yue quando Sakura não era forte o suficiente para sustentar sua magia, e ele começou a desenvolver novas habilidades nas quais não entra. Yukito também está ciente de sua outra identidade como Yue. Está implícito que Touya e Yukito são namorados.
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Muitos dos relacionamentos no mangá são mais desenvolvidos, oferecendo uma visão ampliada de como eles continuam a crescer e florescer. Se os fãs do Cardcaptor Sakura anime estava curioso em dar uma olhada no mangá, aprender mais sobre os relacionamentos iniciais é certamente uma razão sólida.
